In einem frisch angelegten Gartenteich, bei einem Gartenteich dessen Standort falsch gewählt wurde oder bei einem Gartenteich, der nicht im Gleichgewicht ist, besteht die Gefahr einer Algenblüte. Diese Algenblüte besteht anfangs aus Schwebealgen, die sehr klein sind und das Wasser grün färben. Bei älteren Teichen wurden durch Wasserpflanzen oder Tiere häufig bereits Fadenalgen eingeschleppt. Diese bilden mit ihren langen Fäden regelrechte Algenteppiche. In der Folge können Unterwasserpflanzen zu wenig Licht bekommen und absterben.
Im Gartenfachhandel werden Mittel angeboten, die man dem Wasser zusetzen kann um die Algen im Gartenteich zu bekämpfen. Da Algen aber auch eine wichtige Nahrungsgrundlage im Teich bilden, sollte man die Algen lieber auf natürlichem Wege bekämpfen bzw. reduzieren. Wichtig ist hierbei bereits der Teichstandort. Dieser darf nicht in der prallen Sonne liegen und vor allem während der Mittagshitze beschattet sein. Die Sonne kann das Gartenteichwasser sehr stark erwärmen, so daß sich die Algen explosionsartig vermehren können. Wenn man bereits Algen im Teich hat, kann dies auf eine zu hohe Nährstoffkonzentration im Teich hindeuten. Das Wasser sollte man jedoch nicht austauschen. Stattdessen fischt man die Fadenalgen regelmäßig ab und entfernt sie aus dem Gartenteich.
Zudem pflanzt man Unterwasserpflanzen, die die Nährstoffe abbauen und Sauerstoff bilden. Eine besonders gut geeignete Unterwasserpflanze ist beispielsweise das Hornblatt. Nach einiger Zeit haben sich die Unterwasserpflanzen ausgebreitet und der Nährstoffgehalt im Teichwasser ist abgesunken. In der Folge verschwindet dann auch das algenwachstum im Teich.