Fadenalgen können in Gartenteichen innerhalb kürzester Zeit zu einem wahren Algenteppich heranwachsen. Vor allem wenn das Teichwasser sehr nährstoffreich ist und der Gartenteich frisch angelegt wurde, haben die Fadenalgen meistens leichtes Spiel und können sich explosionsartig im Teich ausbreiten. Der dichte Algenteppich treibt dann an der Wasseroberfläche und beschattet die tieferliegenden Wasserbereiche des Gartenteichs. In der Folge erhalten die Unterwasserpflanzen zu wenig Sonneneinstrahlung und sterben ab. Aus diesem Grund sollte man die Fadenalgen bereits frühzeitig im Gartenteich bekämpfen.
In den Gartenteich gelangen die Fadenalgen in der Regel mit gekauften Teichpflanzen oder auch durch badende Singvögel oder in größeren Teichen auch durch Wasservögel, die einzelne Algenfäden an ihrem Gefieder von einem Gewässer zum anderen transportieren können. Im Gegensatz zu den Kugelalgen, kommen die Fadenalgen jedoch nur dann vor, wenn sie in den Gartenteich eingeschleppt wurden. Als erste Bekämpfungsmaßnahme sollte man die Fadenalgen mit dem Kescher von der Teichoberfläche abfischen und auf dem Kompost entsorgen. Dabei muß man darauf achten, daß man keine Teichbewohner mitentfernt. Deshalb kann man die gesammelten Algen auch zuerst am Teichufer zwischenlagern. Durch das regelmäßige abfischen der Algen reduziert man den Nährstoffgehalt im Teich.
Nach einiger Zeit sinkt der Nährstoffgehalt im Wasser und die Algen wachsen zuerst langsammer und verschwinden schließlich komplett. Verstärkt wird dieser Effekt durch Unterwasserpflanzen und Sumpfpflanzen im Uferbereich, die ebenfalls Nährstoffe aus dem Wasser und dem Teichboden herausziehen. Zudem sollte man auch abgestorbene Pflanzenreste von anderen Unterwasserpflanzen und in den Teich gefallene Blätter entfernen, damit der Nährstoffgehalt im Teich nicht wieder ansteigen kann. Wenn man bei der Teichneuanlage darauf verzichtet nährstoffreichen Mutterboden für den Teichboden zu verwenden und stattdessen Lehm verwendet, kann man bereits im Vorfeld vermeiden, daß zu viele Nährstoffe in das Gartenteichwasser gelangen können. Die Fadenalgenbekämpfung ist dann häufig nicht erforderlich.