Eine der effizientesten Wühlmausbekämpfungsmaßnahmen ist der Einsatz von Giftködern. Die Wühlmausgiftköder basieren auf einer Möhrenbasis, was sie besonders anziehend für die Wühlmäuse macht. Möhren bzw. Karotten zählen auch im Garten zur Leibspeiße der Wühlmäuse. Das Wühlmausgift wird tief in die Wühlmausgänge eingebracht, so daß es nicht von Vögeln oder anderen Tieren gefressen werden kann. Da Maulwürfe zudem Fleischfresser sind, besteht für die Maulwürfe auch dann keine Gefahr wenn sie das Gangnetz gemeinsam mit den Wühlmäusen nutzen.
Aus diesem Grund ist eine Wühlmausbekämpfung mit Giftködern auch weniger gefährlich für den Maulwurf als der Einsatz von Wühlmausfallen. Vor der Fallenverwendung muß man sich 100%ig sicher sein, daß dort keine Maulwürfe leben, da die Maulwürfe unter Naturschutz stehen. Die Giftköder wirken gegen die Wühlmäuse am besten während des Winters, da die Wühlmäuse dann keine frische Nahrung zur Auswahl haben. In den warmen Monaten wird der Giftköder häufig von den Mäusen eingelagert und verliert dann bei der Lagerung seine Giftigkeit.