Bei der Nistkastenreinigung im Herbst findet man im Nistkasten nicht nur verlassene Vogelnester vor. Im Nistkasten können sich auch Vogelkot, tote Jungvögel und Vogelflöhe befinden. Die schwarzen Vogelflöhe kann man besonders gut erkennen wenn man helle Kleidung trägt. Dadurch kann man sie frühzeitig von der eigenen Kleidung entfernen. Neben diesen durch die Vögel hinterlassenen Zuständen kann man im Nistkasten noch weitere Überraschungen entdecken. So werden Nistkästen auch von Fledermäusen, Bilchen wie z.B. Haselmäusen und Siebenschläfern sowie von Waldmäusen als Nest oder Schlafplatz genutzt.
Gerade wenn Waldmäuse im Nistkasten übernachtet oder gewohnt haben, muß man besonders vorsichtig sein. Falls die Mäuse mit dem Hanta Virus infiziert sind, können sie durch ihren Urin und Kot das Virus im Nistkasten verteilen. Bei der Reinigung und dem ausfegen des Nistkastens besteht dann die Gefahr, daß man das Hanta Virus einatmet und daran erkrankt. Weitere Bewöhner der Nistkästen können Hornissen und Wespen sein. Diese Kästen werden erst im Frühjahr gereinigt, da die jungen Hornissenköniginen oder Wespenkönigenen im alten Nest überwintern könnten.